El tratamiento se basa en 3 partes:
1.- Medidas generales
La dieta debe ser completa y equilibrada. Solo durante los brotes se aconseja una dieta sin lácteos, por la posible existencia de una intolerancia a la lactosa, y pobre en residuos (vegetales y frutas) ya que podría aumentar la diarrea. Es importante evitar el tabaco ya que se ha demostrado que puede empeorar la evolución de los pacientes con enfermedad de Crohn.
2.- Tratamiento farmacológico
Habrá que distinguir dos fases: el tratamiento de los brotes y el de mantenimiento. Durante los brotes tendrán un papel importante los corticoides, debido a su actividad antiinflamatoria y a la capacidad para frenar la respuesta inmunológica, y la mesalazina. Sin embargo, en el tratamiento de mantenimiento se usarán otros medicamentos como los inmunosupresores (azatioprina, mercaptopurina y metrexate). En los casos graves suelen ser muy útiles los nuevos fármacos biológicos (infliximab, adalimumab , golimumab , vedolizumab y ustekinumab ) que han supuesto una auténtica revolución en el tratamiento de estas dos enfermedades, obteniendo unos resultados excelentes.
3.- Tratamiento quirúrgico
Los pacientes que no responden al tratamiento médico o que presentan alguna complicación (obstrucción intestinal, perforación, abscesos intraabdominales, fístulas internas) pueden necesitar cirugía. Alrededor de un 70% de los pacientes con enfermedad de Crohn deberán someterse al menos a una intervención quirúrgica a lo largo de su vida, aunque la recurrencia de la enfermedad tras la cirugía es frecuente. En la colitis ulcerosa, el tratamiento quirúrgico consiste en la colectomía (extirpación total o casi total del colon), lo que origina la curación de la enfermedad.